Hệ thống quản lý, điều hành trong chương trình:

- Cấp trung ương:
          + Cơ quan chỉ đạo: Ban Chỉ đạo Trung ương các chương trình mục tiêu quốc gia.
          + Cơ quan thường trực: Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.
          + Cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách: Văn phòng điều phối nông thôn mới trung ương.
         + Ở cấp trung ương, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thành lập Hội đồng tư vấn chương trình OCOP để hỗ trợ các địa phương đánh giá, xếp hạng sản phẩm; tư vấn xây dựng thương hiệu quốc gia sản phẩm OCOP; giám sát chất lượng sản phẩm OCOP; nghiên cứu, đề xuất cơ chế, chính sách thực hiện chương trình OCOP.

- Cấp tỉnh:
          + Cơ quan chỉ đạo: Ban Chỉ đạo các Chương trình mục tiêu quốc gia tỉnh.
          + Cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách: Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn.

- Cấp huyện:
          + Cơ quan chỉ đạo: Ban Chỉ đạo các Chương trình mục tiêu quốc gia cấp huyện.
          + Cơ quan tham mưu, giúp việc chuyên trách: Phòng Nông nghiệp và PTNT hoặc Phòng Kinh tế, hoặc Văn phòng Điều phối nông thôn mới cấp huyện.

- Cấp xã: UBND cấp xã tổ chức triển khai thực hiện Chương trình OCOP.